Das Aquarium unterscheidet sich in zwei Punkten sehr deutlich von natürlichen Gewässern.

1. Wasservolumen

Das zur Verfügung stehende Wasservolumen ist bezogen auf die Menge der gepflegten Organismen (Mikroben, Pflanzen, Tiere) immer erheblich geringer als in natürlichen Gewässern. Jeder dieser Organismen nimmt Stoffe aus dem Wasser auf und gibt andererseits auch wieder Stoffe ans Wasser ab. Auch das zugegebene Fischfutter und seine Zusammensetzungen sind zu berücksichtigen. Dies zieht sehr schnell Ungleichverteilungen in der Verteilung der Nährstoffe nach sich, Spurenelemente, die vor allem die Pflanzen benötigen, verringern sich meist schnell und es kommt zur Erhöhung vor allem der Werte für Nitrat und Phosphat.
Eine dauerhafte Versorgung mit Spurenelementen ist für die Wasserpflanzen dann nicht mehr gewährleistet.

2. Wasseraustausch

Der zweite wichtige Unterschied ist der in natürlichen Gewässern kontinuierliche Austausch des Wassers. Dabei handelt es sich natürlich nicht um "Frisch"wasser im Sinne von Leitungswasser, sondern selbst wieder um biologisch "bearbeitetes" und "aufbereitetes" Wasser. Wichtig sind dabei zwei Faktoren: 1. Die Abfuhr von überschüssigen Nährsalzen und 2. die kontinuierliche Nachlieferung der erforderlichen Spurenelemente. Beide sind in natürlichen intakten Gewässern grundsätzlich gegeben, dies gilt unabhängig sowohl für Fließgewässer als auch für stehende Gewässer (bei letzteren in Zusammenhang mit dem Wasservolumen).

Letztlich ist die Kontinuität der Nährstoff- und Spurenelementversorgung der wichtigste, für den Aquarianer zu beachtende Punkt, damit Schwankungen in der Versorgung der Wasserpflanzen nicht auftreten oder sich innerhalb geringer Grenzen bewegen. Das ideale Aquarium wäre demnach ein Durchflußaquarium mit einem kontinuierlichen Wasserwechsel und zusätzlich einer kontinuierlichen Zufuhr aller erforderlichen Spurenelemente mittels Dosierpumpen.
Diese aufwendige Technik ist in der Riffaquaristik mit stark an Spurenelementen zehrenden korallendominierten Aquarien schon seit längerem bekannt und setzt sich mehr und mehr für die Pflege und Vermehrung anspruchsvoller Korallenarten, vor allem Steinkorallen durch.

Im Süßwasser-Aquarium ist die Situation grundsätzlich ähnlich, jedoch nehmen Wasserpflanzen leichte Schwankungen in der kontinuierlichen Nährstoffversorgung weniger übel als Steinkorallenarten im Meerwasser. Dennoch gilt grundsätzlich, je häufiger ein Austausch des Wassers erfolgt und je kontinuierlicher die Versorgung mit Spurenelementen ist, desto sicherer ist der Erfolg bei der Kultur und Pflege von Wasserpflanzen.